东京、超清大阪、超清京都相继发生杀人事件,5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查,发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名,以义经的家臣名字互相称呼,且都持有一本《义经记》,被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信,说若能解开信中所附的画谜,便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺,均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加,服部也来到京都对案件秘密展开调查,并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时,发现有人想置服部于死地,紧接“源氏萤”另一成员被害,而这一切,似乎又都与画谜有关。