晴朗时节，占领江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、占领小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
自然卷
回复 :本片讲述了围裙妈妈忙于新工作后，小头爸爸为了分担家务压力，带回了一位新家庭成员“蛋宝”人工智能机器人，它在围裙妈妈不在的时候解决了很多家务问题。为进一步挖掘蛋宝的潜力，小头爸爸会给蛋宝输入新程序，让它督促儿子的生活与学习。大头儿子也会跟蛋宝一起读书学习、看电视、做游戏等等。很快，他们成为了好伙伴，还形成了小默契，每当大头儿子不开心时，蛋宝会给他巧克力予以安慰。于是，在小头爸爸和围裙妈妈的帮助下，在小伙伴的陪伴下，大头儿子和蛋宝一起学习，共同成长。在这个过程中，蛋宝的功能得到了进一步地开发。更重要的是，这位新朋友激励大头儿子，不断掌握科学知识，理解生活哲思，培养优秀品格。
乡裕美
回复 :小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
崔贤俊
回复 :东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
