继续延续上一季的剧情，福利原来穆德受了骗，福利及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
陈丽斯
回复 :防护罩的崩坏让除了金时空之外的三个时空濒临崩溃的边缘。辜战（罗弘证 饰）和止戈（黄伟晋 饰）之间再度爆发了矛盾，两人相约进行一场公平的比试，最终获胜的那个人便能成为终极一班新的老大，然而两虎相争必有一伤，难道悲剧在所难免？那边厢，大东（汪东城 饰）和夏天正在抵抗强大的魔界大军，他们委托脩保护雷婷（曾沛慈 饰）前往金时空。哪知道两人在回去的途中遇到了敌人的埋伏，就此失散，雷婷下落不明。自责的脩决定先将这噩耗瞒着大东，尽力挽回这一严重的过失。他找到了终极一班的诸位，希望他们能够协助自己，在七十二小时内找到雷婷。
张国荣
回复 :陆依依（王姿允 饰）是一个超级理性的女人，生活中的大小事宜全部在计划表之内，每日按部就班的完成，绝对不会发生节外生枝的意外。这样固执而又死板的个性让陆依依至今感情生活一片空白，男人们对她敬而远之。随着年岁的增长，陆依依的父亲开始着急了，为了稳定父亲的情绪，陆依依登录了婚恋网站，决定替自己找一段不需要投入感情的“契约婚姻”。一个名为欧阳宇飞（郭晓冬 饰）的男人出现在了陆依依的视线中，他逢人便称自己是自由撰稿人，实际上却连一篇稿件都没有发表过。而欧阳宇飞征婚的理由，只是不想再留在母亲身边啃老了。这样的两个人一拍即合，开始了他们的“婚姻生活”，很快，一连串的麻烦的问题接踵而至。
袁嘉乐
回复 :第三季反英雄男主Ash Williams（Bruce Campbell）发现自己原来有个女儿Brandy Barr（Arielle Carver-O’Neill），另外虽然上季Ash已经把恶魔打回老家，但本季Ruby与她新朋友来到他面前，警告他黑恶势力仍然存在着。
