柯南和小五郎等拉着大队，欧美来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，欧美大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
王威胜
回复 :胜改藏（樱井孝宏 配音）曾经是人人羡慕的天才少年，然而，一场意外让他变为了神神叨叨的呆瓜，某日，就读于县立虎马高中的改藏被一尊人体模型砸晕，醒来时发现自己正被一群科学部的同学们团团围住，敏感的他坚信自己已经成为了改造人，于是决定加入科学部，为了保卫世界而和平而展开战斗。名取羽美（喜多村英梨 配音）是造成改藏现状的罪魁祸首，然而，羽美对于自己的所作所为毫不在意。爱财如命的御姐彩园铃（丰崎爱生 配音）、懦弱不幸的坪内地丹（斋藤千和 配音）、身患“绝症”的山田（堀江由衣 配音），在这些千奇百怪的朋友们的陪伴下，改藏的非日常就此展开。
城市少女
回复 :某一日，平凡的女生春日朱纪（三宅麻理惠 配音）在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨（杉田智和 配音）所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引了大量魔物前来聚集。作为“玉衣”的唯一后人，朱纪拥有着将妖刀再次封印的能力和责任，为此，一场华丽的冒险就此展开。在朱纪的身边，出现了被称为“守护五家继承人”的男子们，保护朱纪的安全，就是他们的职责所在。除了鬼崎拓磨之外，还有傲娇自负的鸦取真弘（冈野浩介 配音），冷静温柔的狐邑祐一（浪川大辅 配音），年长可靠的大蛇卓（平川大辅 配音）等人。在斩妖除魔的同时，朱纪也和这些可靠的保护者们产生了深深的羁绊。
蛋糕炸弹
回复 :梦想着将来成为了不起的画师的高中一年级学生冈仓天鼓林。实际上，却是一个没有干劲、没有才能，成天只会偷懒的废柴女高中生……在她面前突然出现了“风神雷神图屏风”中的雷神。「我来实现你的愿望——」如此说着的雷神召唤出了尾形光琳、高桥由一、狩野永德等等在日本美术史留下大名的大画家们。跨越时空，「让梦想成功的秘诀」不断传授给天鼓林。目标是素描甲子园的优胜！天鼓林能否成功改变自己，实现梦想呢？！
