他为了死亡，敦煌选择了侦探之路……时为2030年代。集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。他们以天赋的行动力，敦煌将大大小小的事件导向解决。某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”……小林与花崎。他们的相遇，终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，并推动两人的命运……